Це за замовчуванням.

При заході через ФТП список файлів, що відображаються, містить тільки 1998 файлів і папок, хоча там може бути набагато більше файлів.

У pure-ftpd за замовчанням через параметр LimitRecursion прописано відображати тільки 1998 файлів.

Збільшити ліміт можна через файл /etc/pure-ftpd.conf, наприклад, так:

LimitRecursion 5000